Anualmente, o Rio Mearim passa por épocas de cheia e vazante. Normalmente, o nível de água do rio acompanha o índice de chuvas da região, o período de maior intensidade acontece de janeiro a junho, já a época em que as águas começam a baixar correspondem aos demais meses do ano, entre julho e dezembro.
As cheias do Rio Mearim são marcantes, há registros históricos de grandes enchentes que, consequentemente, causaram inundações e desabrigou milhares de pessoas, que moram próximo ao curso d’água, em Bacabal e demais cidades por onde o Mearim passa.
As chuvas que acontecem na região da nascente e em outros rios próximos, que desaguam no Mearim, acabam acumulando-se intensamente, sendo o principal motivo para o grande aumento do nível. Em destaque, é no Rio das Flores que grande parte das águas são contidas, em virtude da barragem que foi construída na década de 80 para fazer o controle de enchentes.
Entretanto, as chuvas têm castigado a região e a barragem do Rio das Flores não tem sido o suficiente para evitar as enchentes. Em Bacabal, o nível do rio já está a 6,73 metros acima do normal, causando inundações na Avenida Mearim em ruas da Trizidela, que está fazendo centenas de famílias deixarem suas casas.
Em cidades vizinhas a situação também é crítica, como em Pedreiras e Trizidela do Vale que já estão com áreas totalmente alagadas.